EMBER_CLI_FASTBOOT_BODY

Введение в биоинформатику: метагеномика

The course meets the formal recommendations of Stepik
Video Player is loading.
Current Time 0:00
/
Duration 0:00
Loaded: 0%
Progress: 0%
Stream Type LIVE
Remaining Time -0:00
 
1x
Play
To watch this video please visit https://stepik.org/lesson//step/

About the course

Метагеномика — раздел геномики, изучающий геном не отдельного организма, а совокупности обитателей микробных сообществ, живущих в разных природных условиях. На протяжении 4,5 миллиардов лет микроорганизмы являются доминирующей формой жизни на Земле. При этом только около 2% из них может быть выращено в лабораторных условиях, а об остальных мы не знаем практически ничего. Детальный анализ состава и функционирования сложных сообществ позволяет ответить на многие вопросы, связанные со здоровьем человека, охраной окружающей среды, хранением и переработкой продуктов питания, разработкой альтернативных источников энергии, и т.д. Такой анализ возможен только в результате биоинформатической обработки огромных массивов данных, получаемых при секвенировании суммарной метагеномной ДНК и/или отдельных генов.

В предлагаемом курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» мы затронем вопросы подготовки метагеномных проб и особенностей их анализа; математических подходов, лежащих в основе созданных специально для этого типа данных программных продуктов; вопросы секвенирования и сборки метагеномов, их аннотации и применения.

С середины курса участникам будет предложен проект, по результатам работы над которым и будет в основном оцениваться степень освоения ими материала курса.В рамках этого проекта учащиеся будут самостоятельно работать с реальными данными, проведут самостоятельный анализ.


Instructors

  1. User picture
    Alla L Lapidus
    Профессор кафедры цитологии и гистологии СПбГУ, заместитель руководителя Центра Алгоритмической биотехнологии СПбГУ
    Professor, Department of Cytology and Histology, St. Petersburg State University Deputy director, Centre for Algorithmic Biotechnology, SPbSU http://cab.spbu.ru/
  2. User picture
    Павел Добрынин
    Институт биоинформатики, Центр геномной биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского
    Выпускник кафедры микробиологии биолого-почвенного факультета СПбГУ, аспирант кафедры генетики и биотехнологии. Также окончил магистратуру по направлению «Общественное здравоохранение» медицинского факультета СПбГУ. Сейчас является научным сотрудником Центра геномной биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского и занимается сравнительной геномикой. Опубликовал ряд статей по исследованиям Mycobacterium tuberculosis, аннотации геномов кошачьих, GWAS. Участвовал в ряде международных конференций, читал лекции и вел семинары на летних школах по биоинформатике в 2013 и 2014 годах. В Институте биоинформатики преподает курс молекулярной биологии и ведет практикум по биоинформатике, а также руководит студенческими проектами.

Reviews

Anna Ivanova November 14, 2018 link
4
Материал в курсе хороший. Много полезного. Из минусов: курс брошен авторами. Помощи от них ждать нет смысла. Технические проблемы с курсом только через техподдержку. Некоторые задания удается решать только сначала перечитав все комменты и с учетом грабель, на которые наступили прошедшие впереди. На курсе перестали выдавать сертификаты, успела получить минимальный до этого, который выдается по достижении определенной границы. И так и висит теперь, будто прошла его на 58%, хотя давно пройдено все. Итог: довольна материалами, не довольна подходом создателей.
Kundas Liuba August 16, 2018 link
5
Спасибо. Курс хороший. Материал понятен. Лекторы обращают внимание на важные моменты в практике.
Alina Martynova July 23, 2018 link
5
замечательный курс, спасибо огромное, хотелось бы больше практических занятий
Video Player is loading.
Current Time 0:00
/
Duration 0:00
Loaded: 0%
Progress: 0%
Stream Type LIVE
Remaining Time -0:00
 
1x
Play
To watch this video please visit https://stepik.org/lesson//step/
4.9 All reviews

Курс посвящен введению в метагеномику и затрагивает основные теоретические и практические подходы анализа видового состава, генетического материала и функционала сообществ микроорганизмов, обитающих в окружающей среде.

Workload:
Длительность 7 недель. 9 часа в неделю
Expected time to complete:
6 hours
Language:
Русский
Certificate:
Not issuing

About the course

Метагеномика — раздел геномики, изучающий геном не отдельного организма, а совокупности обитателей микробных сообществ, живущих в разных природных условиях. На протяжении 4,5 миллиардов лет микроорганизмы являются доминирующей формой жизни на Земле. При этом только около 2% из них может быть выращено в лабораторных условиях, а об остальных мы не знаем практически ничего. Детальный анализ состава и функционирования сложных сообществ позволяет ответить на многие вопросы, связанные со здоровьем человека, охраной окружающей среды, хранением и переработкой продуктов питания, разработкой альтернативных источников энергии, и т.д. Такой анализ возможен только в результате биоинформатической обработки огромных массивов данных, получаемых при секвенировании суммарной метагеномной ДНК и/или отдельных генов.

В предлагаемом курсе «Введение в биоинформатику: метагеномика» мы затронем вопросы подготовки метагеномных проб и особенностей их анализа; математических подходов, лежащих в основе созданных специально для этого типа данных программных продуктов; вопросы секвенирования и сборки метагеномов, их аннотации и применения.

С середины курса участникам будет предложен проект, по результатам работы над которым и будет в основном оцениваться степень освоения ими материала курса.В рамках этого проекта учащиеся будут самостоятельно работать с реальными данными, проведут самостоятельный анализ.


Requirements

Курс предназначен для тех, кто готов учиться, готов осваивать новые, передовые знания, необходимые уже сегодня всем биологам, медикам, экологам и многим другим. Навыки программирования не обязательны, но очень приветствуются. Приглашаются слушатели, начиная с уровня последнего года бакалавриата и далее. Успешному освоению курса поможет выпущенный ранее курс «Введение в Биоинформатику», т.к. он знакомит не только с анализом геномных данных, но и прививает базовые знания операционной системы LINUX.

Target audience

Курс предназначен для тех, кто готов учиться, готов осваивать новые, передовые знания, необходимые уже сегодня всем биологам, медикам, экологам и многим другим. Приглашаются слушатели, начиная с уровня последнего года бакалавриата и далее.

This course is entirely free. All content is available now.