EMBER_CLI_FASTBOOT_BODY

Введение в NGS. Часть 1

Play
To watch this video please visit https://stepik.org/lesson//step/

About the course

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.

Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Рекомендуем пройти следующие курсы: 1) «Bведение в Linux»; 2) «Молекулярная биология и генетика»; 3) «Биотехнологии: Генная инженерия».

Instructors

  1. User picture
    Alexander Predeus
    http://bioinformaticsinstitute.ru/sites/default/files/new_cv_for_bi_may_2015.pdf
    Я интересуюсь всем, связанным с современными методами секвенирования (next-generation sequencing) - биологическими задачами, экспериментальными методами, и биоинформатическим анализом, который позволяет получать максимальное количество информации из геномных и транскриптомных экспериментов. Имею большой опыт анализа экзомов, RNA-seq, и ChIP-seq. Также интересуюсь молекулярной динамикой и структурной биоинформатикой. Закончил химический факультет МГУ в 2003-м году. В 2009-м году получил степень Ph.D. в Michigan State University, после чего работал в Michigan State University и Washington University in St. Louis (School of Medicine). С лета 2015-го года стал директором по науке в Институте биоинформатики в Санкт-Петербурге.

Reviews

Georgy Sagaradze June 11, 2017 link
Rated:  5
Очень полезный курс, в особенности, для тех, кто никогда не работал с "биоинформатическими" форматами файлов. Уроки позволяют разобраться в том, что из себя представляют данные файлы и программы, с ними работающие. Кроме того, становится понятно, какую информацию из каждого типа файла можно извлечь и для чего она может пригодиться. На (моей) практике получилось, что, помимо лекций, пришлось много обращаться к мануалам, форумам и прочим сторонним источникам информации. Минусом это не считаю, так как, уверен, это близко к реальной биоинформатической жизни. Огромное спасибо @Alexander Predeus! (Жду вторую часть). Также большое спасибо участникам за обсуждения в рамках отдельных вопросов, некоторые вопросы/ответы оказались очень полезны.
Ivan Rybolovlev December 12, 2016 link
Rated:  4
Хороший, полезный курс. Заметен скачок в сложности заданий во второй половине материала. Однако, он связан скорее с шероховатостями в формулировке заданий (некритично) и малой поддержкой учащихся авторами. Из-за этого, к сожалению, падает интерес к курсу.
Sergey Tkachuk December 2, 2016 link
Rated:  4
Интересно. Задачи в первой половине курса показались мне слишком простыми. Но к концу этот недостаток выправляетя. Организаторам спасибо. Жду вторую часть.
Play
To watch this video please visit https://stepik.org/lesson//step/
4.3 All reviews

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества и многими другими аспектами применения этих технологий.
Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Workload:
4-5 часов в неделю
Expected time to complete:
36 hours
Language:
Русский
Certificate:
Институт биоинформатики
Certificate condition: 240 points
With distinction: 270 points

About the course

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.

Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Рекомендуем пройти следующие курсы: 1) «Bведение в Linux»; 2) «Молекулярная биология и генетика»; 3) «Биотехнологии: Генная инженерия».

Requirements

Для лучшего усвоения материала необходимо 1) умение работать в командной строке Unix; 2) знание молекулярной биологии на уровне вводного университетского курса; 3) иметь базовые представления о биохимии и манипуляциях с ДНК (ПЦР, лигация, рестрикция, и т.д.). Вам также понадобится компьютер с установленной системой семейства Unix (предпочтительно Ubuntu). 

Target audience

Студенты и аспиранты, интересующиеся современной биологией и биоинформатикой.

This course is entirely free. All content is available now.