EMBER_CLI_FASTBOOT_BODY

Введение в NGS. Часть 1

The course meets the formal recommendations of Stepik
Video Player is loading.
Current Time 0:00
/
Duration 0:00
Loaded: 0%
Progress: 0%
Stream Type LIVE
Remaining Time -0:00
 
1x
Play
To watch this video please visit https://stepik.org/lesson//step/

About the course

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.

Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Рекомендуем пройти следующие курсы: 1) «Bведение в Linux»; 2) «Молекулярная биология и генетика»; 3) «Биотехнологии: Генная инженерия».

Instructors

  1. User picture
    Alexander Predeus
    PhD in chemistry doing genomic bioinformatics
    Я интересуюсь всем, связанным с современными методами секвенирования (next-generation sequencing) - биологическими задачами, экспериментальными методами, и биоинформатическим анализом, который позволяет получать максимальное количество информации из геномных и транскриптомных экспериментов. Имею большой опыт анализа экзомов, RNA-seq, и ChIP-seq. Также интересуюсь молекулярной динамикой и структурной биоинформатикой. Закончил химический факультет МГУ в 2003-м году. В 2009-м году получил степень Ph.D. в Michigan State University, после чего работал в Michigan State University и Washington University in St. Louis (School of Medicine). С лета 2015-го года стал директором по науке в Институте биоинформатики в Санкт-Петербурге. https://www.researchgate.net/profile/Alexander_Predeus

Reviews

Konstantin Leskov December 7, 2018 link
5
Первая половина курса вводная, задачки легкие. Для второй половины архиважно иметь доступ к серверу и обладать навыками работы с линуксной консолью. Иначе - АдЪ. Задачки второй половины максимально приближены к боевым условиям: вот вам файл, сошедший с иллюмины, а вот вопрос, который надо решить. Правда, во всех особо сложных местах даны нужные подсказки. Большой плюс этого курса: нет лимита на попытки в задачах. Решай, думай, ошибайся, поправляй сколько угодно - замечательно. Курсы, где лимиты присутствуют, я считаю вредительскими. Александр Предеус, ваш курс по практичности и глубине - лучший на степике! Благодарю.
Спасибо за интересный курс, жду продолжения!!! Несколько замечаний - пожеланий: При изучении курса у меня сложилось четкое ощущение некого несоответствия, требований и рекомендаций к учащимся, и тому что на "самом деле" необходимо знать перед началом обучения. В требованиях указано: "1) умение работать в командной строке Unix; - по факту 1-ый пункт и есть самый важный и чуть ли не единственный, он определяет завершите ли вы курс. В тоже время в рекомендациях указан только курс «Введение в Linux» - его, на мой взгляд, увы недостаточно Про grep/awk/cut - там совсем чуть-чуть, а без приличного уровня владениями такими командами курс NGS не пройти (множество заданий с высокими баллами, завязаны на хорошие навыки работы именно с этими командами). Хотелось бы в описании курса дополнить и специально заострить внимание интересующихся: где и какие курсы стоит пройти по этой теме("умение работать в командной строке Unix") и что без этого знания и главное хороших навыков курс пройти крайне затруднительно. Спасибо!
Мощный курс, который действительно помог в работе!
Play
To watch this video please visit https://stepik.org/lesson//step/
4.5 All reviews

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества и многими другими аспектами применения этих технологий.
Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Workload:
4-5 часов в неделю
Expected time to complete:
36 hours
Language:
Русский
Certificate:
Институт биоинформатики
Certificate details
Certificate condition: 240 points
With distinction: 270 points

About the course

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.

Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Рекомендуем пройти следующие курсы: 1) «Bведение в Linux»; 2) «Молекулярная биология и генетика»; 3) «Биотехнологии: Генная инженерия».

Requirements

Для лучшего усвоения материала необходимо 1) умение работать в командной строке Unix; 2) знание молекулярной биологии на уровне вводного университетского курса; 3) иметь базовые представления о биохимии и манипуляциях с ДНК (ПЦР, лигация, рестрикция, и т.д.). Вам также понадобится компьютер с установленной системой семейства Unix (предпочтительно Ubuntu). 

Target audience

Студенты и аспиранты, интересующиеся современной биологией и биоинформатикой.

This course is entirely free. All content is available now.