EMBER_CLI_FASTBOOT_BODY

Введение в NGS. Часть 1

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества и многими другими аспектами применения этих технологий.
Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

4-5 часов в неделю
Certificate Stepik

About this course

В первой части курса «Введение в технологии высокоэффективного секвенирования» вы познакомитесь с основными типами секвенирования, их применениями, контролем качества, и многими другими аспектами применения этих технологий.

Также вы научитесь самостоятельно проводить первичную обработку экспериментов, идентифицировать основные проблемы, возникающие в NGS-экспериментах, узнаете об основных используемых форматах данных и научитесь конвертировать и визуализировать их.

Рекомендуем пройти следующие курсы: 1) «Bведение в Linux»; 2) «Молекулярная биология и генетика»; 3) «Биотехнологии: Генная инженерия».

Who is this course for

Студенты и аспиранты, интересующиеся современной биологией и биоинформатикой.

Для лучшего усвоения материала необходимо 1) умение работать в командной строке Unix; 2) знание молекулярной биологии на уровне вводного университетского курса; 3) иметь базовые представления о биохимии и манипуляциях с ДНК (ПЦР, лигация, рестрикция, и т.д.). Вам также понадобится компьютер с установленной системой семейства Unix (предпочтительно Ubuntu). 

Meet the Instructors

User picture
Alexander Predeus
PhD in chemistry doing genomic bioinformatics
Я интересуюсь всем, связанным с современными методами секвенирования (next-generation sequencing) - биологическими задачами, экспериментальными методами, и биоинформатическим анализом, который позволяет получать максимальное количество информации из геномных и транскриптомных экспериментов. Имею большой опыт анализа экзомов, RNA-seq, и ChIP-seq. Также интересуюсь молекулярной динамикой и структурной биоинформатикой. Закончил химический факультет МГУ в 2003-м году. В 2009-м году получил степень Ph.D. в Michigan State University, после чего работал в Michigan State University и Washington University in St. Louis (School of Medicine). С лета 2015-го года стал директором по науке в Институте биоинформатики в Санкт-Петербурге. https://www.researchgate.net/profile/Alexander_Predeus

Course content

Введение в молекулярную биологию и секвенирование
  1.  
     
  2.  
     
  3.  
     
  4.  
     
  5.  
     
  6.  
     
  7.  
     
Основные применения секвенирования
Работа с данными NGS: прочтения и контроль качества
Выравнивание, базовые статистики и визуализация геномных данных

Certificate

Институт биоинформатики

Student reviews

Если честно, затрудняюсь оценить данный курс. С одной стороны, курсу присуща высочайшая информативность: в нем собран краткий обзор наиболее важных технологий NGS, даны задачи на обработку реальных данных, получаемых в результате секвенирования. Трудно найти что-то подобное, где все необходимые вопросы лаконично, но вместе с тем глубоко освещены "под одной обложкой". С другой стороны, курс получился, что называется, incomprehensible: для его прохождения профессиональным биологам/химикам недостаточно знаний в информационных технологиях, а программистам - недостаточно знаний о задачах, выполняемых в wet lab. И вводные курсы (и по мол.биологии, и по линуксу) совершенно не дают той глубины знаний, которая необходима для успешного прохождения данного курса. Здесь нужен хоть какой-то реальный опыт в биоинформатике, иначе многие вещи покажутся абсолютно невыполнимыми. Для меня, как для программиста (никогда не сталкивавшегося с работой в wet lab), задачи первой половины курса показались достаточно тяжелыми, приходилось много гуглить о вещах, которые никогда в глаза не видел (хотя читал в книгах) - различные девайсы для секвенирования, химические реакции над биополимерами и т.п. Но при этом скрипты, которые необходимо было писать во второй части курса, таких проблем не вызвали. У профессиональных биологов получилась обратная ситуация. Я считаю, что во введении стоило бы предупредить, что необходим минимальный опыт в экспериментальной биологии, без которого прохождение курса будет очень осложнено. Тем не менее, считаю данный курс весьма ценным с точки зрения информативности и практичности.
Невероятно крутой курс. Из особенностей традиционно сложные, но выполнимые задачи. Жду вторую часть
*****

Share this course